"Autenticação de mapeamento de certificado de cliente" destina-se ao uso com o Active Directory.
Imagine um cenário em que você implantou os certificados de autenticação do usuário usando o AD CS e configurou o modelo de certificado para permitir o armazenamento do Active Directory. Agora você pode empregar a autenticação de mapeamento de certificado de cliente "não-IIS" em um servidor membro do AD com o IIS instalado e fazer com que o IIS mapeie automaticamente o certificado para um usuário consultando o Active Directory
"Autenticação de mapeamento de certificado de cliente do IIS" destina-se a certificados não-AD CS e servidores autônomos.
Como o Active Directory não será usado para mapear certificados para usuários neste cenário, você precisará definir os mapeamentos nos arquivos de configuração, como mapeamentos um-para-um ou muitos para um.