Se bem me lembro, a conta IIS_IUSRS representa apenas usuários anônimos do IIS, mas quando você publica via FTP você precisa efetuar login, portanto, dar permissões de leitura / gravação para IIS_IUSRS não tem efeito no seu caso.
Agora é aí que as coisas tendem a se tornar um pouco estranhas. Mesmo que você faça login como Administrador (ou qualquer usuário de nível administrativo que tenha) que ainda não seja suficiente, pois dependendo do tipo e nível de representação, o IIS pode estar acessando a pasta raiz do site como um usuário diferente.
Os cenários mais comuns são IIS acessando essa pasta como "IUSR_ [computador]" ou como "Serviço de Rede". Por favor, verifique o seu diretório para permissões sobre essas contas. Conceder as permissões adequadas a essa conta deve (provavelmente) resolver seu problema.