Verifique com ls -Z
se o contexto do SELinux é o mesmo em /etc/named.conf e /var/named/chroot/etc/named.conf. Se não estiver, use chcon com a opção --reference para definir o arquivo chrooted named.conf da mesma forma que o named.conf normal, com algo parecido com isto:
chcon --reference=/etc/named.conf /var/named/chroot/etc/named.conf