Sim.
O código-fonte que requer compilação será compilado ao construir o pacote binário; veja IntroDebianPackaging em wiki.debian.org para instruções sobre como criar um pacote fonte contendo código-fonte que requer compilação.
Qual linguagem de programação devo usar para escrever um pacote fonte para um pacote .deb?
Eu quero empacotar um programa em C ++.
Sim.
O código-fonte que requer compilação será compilado ao construir o pacote binário; veja IntroDebianPackaging em wiki.debian.org para instruções sobre como criar um pacote fonte contendo código-fonte que requer compilação.