Does the controller leave some kind of metadata on the disks that forces my md raid-array to always be run off this particular controller, or will it be a completely generic array that I could plug into "raw" SATA-ports and run just as well?
Se você quer dizer que você será capaz de pegar os discos e ligá-los a qualquer outro controlador, então provavelmente não, não - mesmo com o repasse, eu não 'apostaria que a fazenda' está acontecendo.
Will I be able to hot-swap and rebuild my array, even though I am "bypassing" the hardware controller as much as possible?
Sim, não acho que isso seria um problema.
Am I doing it all wrong? Should I flash a different firmware to the controller, the possibility of which is mentioned on Serverfault itself?
Eu pessoalmente deixaria o controle para fazer o trabalho - eu não sou fã de software RAID, para começar você carrega todas as gravações nos ônibus várias vezes e qualquer 'independência de fornecedor' que você acha que pode ter é sempre mais fácil fazer o backup de um servidor e restaurá-lo para outro, do que se arriscar a mover os discos para outro servidor e não ter o caminho de volta - alguns novos servidores podem simplesmente limpar os discos de qualquer maneira. Confie no hardware, faça backup e teste periodicamente esses backups.