Contanto que você use este Nexus para hospedar somente seus repositórios privados, e a equipe de desenvolvedores tenha configurado corretamente o maven localmente para usá-lo somente para esse repositório, tudo que você precisa fazer é abrir
na guia Repositories
, clique com o botão direito do mouse no repositório que você deseja desabilitar e selecione Put Out of Service
.