Toda vez que alguém faz login no módulo pam_motd, todos os scripts são executados em /etc/update-motd.d/ . Um desses scripts é 98-fsck-at-reboot , que executa /usr/lib/update-notifier/update-motd-fsck-at-reboot . Em essência, este script, para cada sistema de arquivos ext, verifica a contagem de montagem contra a contagem máxima de montagem e o último fsck contra o intervalo de verificação para determinar se um sistema de arquivos precisa ser fscked e, em caso afirmativo, gera texto adicionado a /etc/motd
Quando um sistema é inicializado, o upstart examina /etc/init/mountall.conf e executa mountall , que executa o fsck nos sistemas de arquivos se as condições estabelecidas no parágrafo anterior forem atendidas.
Como você pode ver, essas ocorrências não são acionadas por erros detectados e, portanto, provavelmente não têm nada a ver com os problemas de conectividade do seu banco de dados.
O mais provável é que você esteja esgotando um recurso (estou adivinhando memória) em sua micro instância e uma reinicialização faz com que o consumo de recursos seja redefinido. Se você não quiser mais solucioná-lo, atualizarei para pelo menos uma pequena instância.