Eu faria isso usando um volume lógico LVM que suporta o repositório. É provavelmente melhor colocar isso em um sistema de arquivos separado do que o root de qualquer maneira. Etapas para fazer isso seria:
- Se o LVM não estiver instalado, instale e configure-o.
- Crie um volume lógico para o seu repositório.
- Formate com o sistema de arquivos de sua preferência.
- Monte no local apropriado.
- Mova o repositório para ele.
Neste ponto, você pode capturar instantaneamente o repositório inteiro criando instantâneos de volume lógico. Se desejar, você pode configurar instantâneos contínuos todas as noites.
Se você está se sentindo particularmente ousado, pode usar snapshots em nível de sistema de arquivos com BTRFS ou ZFS, mas esses são menos maduros no Linux no momento.