Um pouco atrasado, mas pode ajudar outra pessoa.
Se você estiver solicitando certificados com base em um modelo, o modelo será configurado como gerar um assunto no certificado. Especificamente, ele será configurado para ler as propriedades do AD ou aceitar o valor especificado na solicitação.
Parece que está configurado para ler as propriedades do AD. Portanto, o conteúdo na solicitação (seja o .inf ou as propriedades da solicitação ao usar o certmgr) será ignorado.
Se você quiser usar as propriedades na solicitação, precisará editar o modelo para não usar os valores do AD, mas use as propriedades na solicitação.