Quando você está copiando os arquivos, você é provavelmente e administartor. Quando o PHP copia os arquivos, provavelmente está usando a conta do Apache. Verifique suas permissões para ter certeza de que o Apache tem acesso aos três locais em que não pode gravar.
Além disso, se o Apache não for o proprietário da pasta, as permissões atuais drwxr-xr-x não funcionarão, já que o Apache não é o proprietário.