O seu entendimento está correto.
Não há realmente nenhuma maneira elegante de contornar isso. Os clientes Bacula (File Daemons) não têm como comunicar uma lista ao diretor.
Você pode ser capaz de hackear uma solução com base na resposta aceita nesta pergunta , mas você precisaria de alguma maneira para os usuários finais para comunicar o que eles querem backup (por exemplo, uma página da web que grava arquivos). Não é uma solução que eu gostaria de implantar pessoalmente na produção.
Geralmente, os clientes em um cenário corporativo não devem lhe dizer o que fazer backup - é uma receita para o desastre (John Doe pede para você fazer backup de sua área de trabalho. Uma semana depois ele está implorando para restaurar algo de "Meus Documentos" que ele precisa do Super-Fim-do-Universo-Urgente.Você é o Sr. Bad-Backup-Guy por não ter seus arquivos, mesmo que ele tenha lhe dito para não fazer backup deles.
Você, como administrador do sistema de backup, deve informar aos seus usuários o que é backup (e certificar-se de que é uma lista sensata de locais) e comunicar claramente que os usuários devem armazenar arquivos em locais aprovados. para que seja feito backup. (Para a sua loja típica hoje em dia, isso significa que você faz o backup do diretório pessoal do usuário - o OS X e o Windows são bons para armazenar o lixo dos usuários em sua pasta pessoal atualmente).