Certifique-se de que o mysql é o proprietário do / var / lib / mysql da seguinte forma:
cd /var/lib
service mysql stop
chown -R mysql:mysql mysql
service mysql start
Outra coisa a verificar é a presença de outro my.cnf
Tente o seguinte
cd /var/lib/mysql
ls -l my.cnf
Se um arquivo my.cnf estiver lá, você encontrou seu culpado. Apenas renomeie o arquivo
mv /var/lib/mysql/my.cnf /var/lib/mysql/my.cnf_old
e, em seguida, service mysql restart