Você está vendo algo estranho no log de eventos? Com base na sua descrição, estou imediatamente desconfiado da exaustão da memória do kernel (pool paginado ou não paginado).
Eu daria uma olhada na ferramenta Análise de desempenho de logs como uma maneira de ter uma ideia geral de onde está o gargalo com este problema. Essa ferramenta "ingere" arquivos do Log de Contador reunidos pelo "Monitor de Desempenho" e produz vários relatórios para diferentes cargas de trabalho do servidor. Para você, eu consideraria a execução do arquivo de limite PAL "SystemOverview" para ter uma ideia geral da causa do problema. (A ferramenta PAL pode exportar um modelo de Monitor de Desempenho que direcionará você para os contadores a serem armazenados no arquivo de log. Se você não estiver familiarizado com o Monitor de Desempenho, o site PAL terá alguns bons itens de treinamento sobre PAL e logging .
Suspeito strongmente que uma execução de PAL com dados de registro coletados de uma inicialização limpa, até o problema que está ocorrendo, forneça uma indicação da causa do problema.