Em geral, eu diria que usar entradas DNS é melhor, também torna tudo mais gerenciável, caso você precise alterar os endereços IP.
Esta prática não se aplica apenas ao Citrix Xenapp.
Qual é a prática recomendada para se conectar aos servidores Citrix XenApp? Colocando os endereços de todos os servidores em um cliente, ou colocando uma entrada do DNS com múltiplos registros múltiplos?