Qualquer um dos métodos funcionará bem e equivalentemente estável.
O método de partição é um pouco mais inteligível pelos utilitários de recuperação, embora isso seja uma preocupação menor. Qualquer coisa baseada em um núcleo Linux (e provavelmente * BSD) saberá como lidar com uma configuração LVM de disco completo, que inclui praticamente todas as ferramentas de recuperação que eu consideraria usar em uma caixa Linux quebrada. As ferramentas projetadas para recuperação do Windows não serão capazes de lidar com o LVM de disco completo.
O volume do SAN exige algumas considerações, mas a grande questão a ser feita é:
Is this volume ever going to be mounted by another device than this one?
A menos que você esteja criando um cluster, a resposta provavelmente será "não", exceto em circunstâncias extremas de recuperação. Se você tiver que recriar os volumes de inicialização / sistema por algum motivo, é quase certo que você usará o mesmo sistema operacional com o qual começou.
LVM de disco completo é ótimo.
O mesmo é o LVM de uma partição.
Use o que achar melhor para você.