Descobriu-se que o subdomínio foi hospedado de forma independente com um escopo de replicação de AD diferente e nenhuma delegação foi feita no domínio pai.
Eu sabia que onde a zona é hospedada (domínio, DOmainDNSZone ou ForestDNSZones) importava em termos de onde o servidor procura dados e outras partições me davam a pista.