A resposta parece ser algo fora do IIS por um programa chamado KnowledeBase, que aproveita o IIS. Algo ou alguém correu seu programa de administração ou registro, que alterou um ou dois registros de suas entradas de registro. Suas entradas de registro incluem parâmetros que armazenam a letra da unidade de arquivos de dados e executando este programa excluído ou redefinir essas entradas. Eu só sabia disso depois de entrar em contato com o fornecedor deste programa KnowledgeBase. Não só isso, mas eu não consegui navegar pelos arquivos do IIS. O fornecedor tem um filtro isapi que bloqueia essa solicitação e força você a fazer o login de um cliente para acessar as páginas. Eles alegam que isso é por razões de segurança, forçando você a usar uma conta de login. Então, para testar se suas páginas estão funcionando, eu tenho que usar outra máquina e fazer login.
Eles também disseram que o motivo pelo qual o diretório virtual "D" funcionava era porque o filtro isapi estava procurando especificamente por "A", "B" e "C". Qualquer outro nome e seu filtro isapi não atende. Suponho que eles usem "A", "B" e "C" em seu aplicativo KnowledgeBase compilado.
Para resumir, foi lançado um aplicativo externo que aproveita as entradas de registro modificadas do IIS e só encontrei a resposta depois que alguém do fornecedor encontrou a resposta.
Obrigado.