A solução acabou sendo simples. Altere o local de instalação do JRun para COLDFUSION_ROOT_DIRECTORY\runtime\
(ou a pasta de tempo de execução na instalação do CF, onde quer que esteja).
A atualização completa, que precisei fazer para a atualização da JVM, foi:
- Instalar novo JDK
- Servidor CF de desligamento
- Instalar o atualizador JRun
- Edite COLDFUSION_ROOT_DIRECTORY \ runtime \ bin \ jvm.config e aponte JAVA_HOME para apontar para o novo local
- Iniciar servidor CF
Observe que a atualização do JRun levou um bom tempo no meu servidor de desenvolvimento (~ 15 minutos), mas apenas alguns minutos no meu servidor de produção. Fora uma pequena diferença no hardware do servidor, não sei por que isso aconteceu.