Infelizmente, não acho que exista um único comando VBoxManage que você possa usar para "reduzir" o tamanho físico total relatado ("lógico", como você diz) do seu disco virtual. Sua melhor aposta será criar um novo segundo disco de tamanho apropriado e usar uma ferramenta de clonagem de disco como o CloneZilla para copiar os dados da (s) partição (ões) na primeira unidade para o novo disco.
É claro, se você estiver redimensionando o disco - isso provavelmente significa que é um disco dinâmico e normalmente não importa qual é o tamanho total - apenas permita que as partições dentro do disco sejam dimensionadas adequadamente. / p>