Esse problema pode ocorrer se o projeto tiver um assembly referenciado que requer o CLR 2.0.
O processo para seleção de CLR é um pouco complexo. Na verdade, é possível executar várias versões do CLR lado a lado no mesmo processo.
Se você não precisa do ASP.NET 2.0, você pode removê-lo com o (s) seguinte (s) comando (s):
%systemroot%\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\aspnet_regiis.exe -u
%systemroot%\Microsoft.NET\Framework64\v2.0.50727\aspnet_regiis.exe -u
Você também deve garantir que o ASP.NET 4 para a plataforma apropriada esteja instalado. Ou seja, se o aplicativo for de 32 bits, o aspnet_regiis.exe do ASP.NET de 32 bits deverá ser instalado.
Você também pode incluir o seguinte em seu web.config. Note que deve especificar "v4.0" e não "v4.0.30319".
<startup>
<supportedRuntime version="v4.0" />
</startup>
Determinando qual versão do tempo de execução carregar
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