A política que você listou deve ser aplicada somente ao PDC. Na verdade, como apenas um servidor em seu domínio é o PDC, nem recomendo usar essa configuração de GP, mas, em vez disso, defina-a no registro diretamente no PDC DC (plugue sem vergonha para a entrada do meu blog sobre como fazer isso : link . Se você insistir em fazer isso por meio da Diretiva de Grupo, certifique-se de segmentar o GPO APENAS para o PDC DC (nenhum outro computador, nem mesmo outros DCs). Se a política for aplicada a outras máquinas, todas elas atuarão como clientes NTP, contatando diretamente o servidor NTP.
Por padrão, os clientes ingressados no domínio são definidos para usar o Serviço de Tempo do Windows. Assim, depois de limpar esse GPO, os clientes de domínio devem reverter para o Serviço de Tempo do Windows automaticamente.
Quanto ao comando no script de login, você não precisará dele depois de limpar o GPO, por isso é seguro removê-lo. Provavelmente foi colocado lá pela pessoa que originalmente criou o GPO, já que eles não conseguiam descobrir como fazer com que os clientes usassem o PDC por algum tempo ...