Use o Applocker .
Implementamos o AppLocker com um conjunto básico de regras padrão que permitem que itens sejam executados a partir de arquivos de programas, janelas e algumas pastas externas (como uma pasta personalizada para usuários colocarem aplicativos portáteis). Isso elimina a possibilidade de instalação de lixo por clickonce, pois na maioria das vezes ele é iniciado a partir do perfil.
Isso não apenas ajuda a manter o clickonce fora de nossos computadores e fora dos perfis dos usuários ... mas basicamente impede a movimentação de malware em suas trilhas.