Eu acabei de me meter no mesmo problema.
Na verdade, esse é definitivamente um bug no OEM. No meu caso, a quantidade de espaço no sistema de arquivos que o oracle estava usando era 4.5T e o espaço livre era 3.77T. Algo estava definitivamente transbordando, mas como esse era um Solaris 11 em um sistema de arquivos zfs, fiz este truque simples: criei o conjunto de dados zfs separado, configurei refquota para 2GB, montei no $ {ORACLE_HOME} / hostname
_ $ {ORACLE_SID} / sysman / emd / upload e voila! Começou a ver o espaço livre correto e começou a fazer o upload.
Eu não tenho ideia até agora sobre o que devo fazer no Linux, que não tem zfs prontos para produção.