Muitas variáveis desconhecidas aqui. Qual é o tamanho dos seus backups, quais são os limites de largura de banda, se você deseja backups incrementais ou completos, etc.
Algumas sugestões, independentemente:
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Use o rsync sobre o ssh ao usar a compactação (opção -C). Rsync reduziria bastante a quantidade de dados necessários para a transferência em cada cópia de segurança. A compactação também reduziria a quantidade de largura de banda necessário.
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Se a largura de banda for limitada, considere o backup de discos locais. Se vocês Se você quiser fazer backups off-site, sempre é possível enviá-los para fora do site. Como armazenamento espaço explode, você realmente não deve eliminar isso como um válido opção desde que a largura de banda não aumentou para corresponder.
[edit] Notei você a tag incremental. O bucket do Amazon S3 fornece suporte para instantâneos? Isso cuidaria do aspecto incremental.