Se você fizer backup dos componentes de cópia de sombra em cada CD (e você deve), então você está fazendo o backup do AD. Você só precisa comprar o agente do AD se quiser fazer uma restauração granular de objetos do AD.
Vou implantar o Backup Exec 2010 R3 em um ambiente com vários controladores de domínio do Windows Server 2008 R2.
Preciso fazer backup do Active Directory de cada DC? Se sim, precisaria de uma licença do agente do Active Directory para cada controlador de domínio?
Como o Active Directory Sync está desativado no IMHO "Principal" ou do Servidor Principal Não é necessário fazer backup do AD dos outros Servidores AD.
Então, não, um agente para isso no outro servidor não é necessário.
Você ainda precisará de um agente para fazer backup de seus arquivos, e obviamente de outros Serviços, se eles tiverem algum tipo de SQL.