Primeiro, você tentou executar o instalador do SQL com a opção SKUUPGRADE=1
?
Em segundo lugar, a maneira mais fácil que posso pensar em mudar se isso não funcionar seria:
- Instale a edição da Web lado a lado
- Retire o site
- Desanexe os arquivos de banco de dados (mdf e ldf) do Express DB
- Anexe os arquivos do banco de dados (mdf e ldf) ao DB da edição da Web
- Fazer backup do site