Compilar php com suporte a mcrypt não é o mesmo que instalar o mcrypt. Em seu phpinfo () o que ele diz sobre cifras e modos suportados? Se ele mostra "none" para ambos, então o seu php está pronto para o mcrypt, mas a própria extensão não está instalada.
Você desejará fazer o download e criar o libmcrypt com --enable-dynamic-loading. Uma vez feito isso, e a extensão real do mcrypt estiver no lugar, então você deve ver algumas mudanças na porção mcrypt do phpinfo ();