Esta não é necessariamente a resposta certa, mas tem detalhes úteis que podem ajudar os outros, e parece ser a melhor coisa que funcionou até agora.
Como alguém no reddit apontou, uma razão possível para essa exclusão foi a hibernação em um sistema operacional enquanto o outro inicializa, usando (e provavelmente gravando) a unidade compartilhada da qual o primeiro SO tem alguma imagem.
Desde que eu parei de fazer isso, o problema tem ocorrido com muito menos frequência e, na época em que ocorreu, posso ter hibernado o Windows por engano (é memória muscular).
Isso pode realmente ser a resposta certa, mas eu preciso de mais verificação para averiguar isso.