Se bem me lembro, a amanda aproveita os utilitários de backup nativos. Se os seus utilitários nativos (ou seja, gnu tar) suportarem arquivos esparsos, amanda também o fará. Eu não tenho certeza de como o gnu tar irá lidar com backups diferenciais em um arquivo qcow2, embora ... provavelmente ele apenas copie o arquivo inteiro. Normalmente, esses tipos de utilitários de backup agem no nível do arquivo e o arquivo qcow2 se parecerá com um único arquivo. Ele suporta arquivos esparsos, se você usar a opção correta.
Amanda suporta um script de pré-backup e um script de pós-backup.
Outra opção que você pode analisar é executar um backup incremental de dentro da VM.