Você não pode usar links simbólicos na jaula chroot que apontam para fora da jaula - os links simbólicos são interpretados em relação ao novo diretório raiz.
Então, o seu link:
# ln -s /var/log/query.log /var/chroot/bind9/var/log/query.log
quando a execução chroot('/var/chroot/bind9')
acaba apontando para si mesma!