Eu tenho usado o AWStats para os nossos grandes farms, embora eu limpe os arquivos primeiro com o LogParser (removendo verificações de integridade, mesclando arquivos de farm ( não classifique! ), etc.). Não temos o tamanho dos arquivos que você faz, mas estamos definitivamente na faixa de 300MB e o AWStats funciona bem. Nós não precisamos de tempo real, então o processamento acontece em um servidor de empregos à noite e as estatísticas estão prontas diariamente. Temos estatísticas de cerca de 10 sites diferentes. Se você quiser detalhar os subsites, fica um pouco confuso, mas estamos usando o AWStats há cerca de cinco ou seis anos sem problemas.
Adoraria usar o Google Analytics, mas não é bom para sites de intranet (motivos de segurança / privacidade).