Eu não sugeriria git para isso - Você pode (via scripts automatizados / agendados e afins), mas você provavelmente deveria investigar ferramentas como radmind (o que eu uso), Puppet (suporte experimental do Windows) ou equivalentes específicos do Windows para gerenciar seus servidores.
Você pode manter suas informações de configuração radmind ou puppet no git, mas usar ferramentas de gerenciamento de servidores para as tarefas de gerenciamento de servidores facilitará a vida a longo prazo.