Exclua todos os subdomínios na configuração do apache e substitua-o por:
Listen *:80
<VirtualHost *:80>
DocumentRoot /var/www/ #Wherever your site is located now
ServerName olddomain.com
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(.*)olddomain\.com$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://%1newdomain.com/$1 [R=301,L]
</VirtualHost>
Isso deve redirecionar todos os subdomínios.