Nem tanto eu imagino. Você provavelmente obterá guias órfãos nas permissões do sistema de arquivos. Apenas certifique-se de que nenhum deles seja um controlador de domínio ou tenha papéis no AD; você precisará reatribuir essas funções e remover o servidor se este for o caso.
Você pode ter software usando permissões do antigo domínio; O sql server pode ter permissões de banco de dados baseadas em usuários do domínio antigo, portanto, tenha cuidado aqui.
Os serviços que são executados no servidor também podem ser executados com uma conta de usuário do antigo domínio do AD.
(basicamente permissões permissões permissões)