Sua configuração está dizendo ao Apache para servir todos os scripts CGI sob o FastCGI, o que não é possível. O FastCGI não é diretamente compatível com scripts CGI.
Você deve mover a diretiva AddHandler para o VirtualHost do seu cliente, para que ela não se aplique a toda a configuração, por exemplo,
<VirtualHost *:80>
ServerName clienthost.com
...
AddHandler fcgid-script .fcgi .cgi
</VirtualHost>
Se os scripts do seu cliente estiverem no mesmo VirtualHost que seus outros scripts cgi, você poderá restringir o tratamento do FastCGI a um local ou diretório específico, por exemplo,
<Location /clientarea>
AddHandler fcgid-script .fcgi .cgi
</Location>