The truth is, filesort is badly named. Anytime a sort can’t be performed from an index, it’s a filesort. (via mysqlperformanceblog)
Então, o mais provável é que você tenha uma consulta que não esteja usando um índice de tabela. Veja o MySQL Create Index
Bônus !: Se você é novo para ajustar seu servidor mysql para alta performance, dê uma olhada nisso:
wget mysqltuner.pl # quite the clever domain name ;)
chmod +x mysqltuner.pl
./mysqltuner.pl
Este script identificará muitos erros comuns e fará sugestões de desempenho.