Eu estou supondo que você precisa ajustar corretamente o seu my.cnf. As configurações padrão do MySQL são conservadoras.
Um erro comum que pode estar retardando o seu MySQL é ter seu key_buffer_size
definido como valor baixo, que é o tamanho do buffer usado para blocos de índice. Ajustar isso para pelo menos 30% da sua memória RAM ou o processo de re-indexação provavelmente será muito lento.
Por outro lado, registre suas consultas lentas ativando o slow_query_log
. Isso registrará todas as consultas que levam mais de dois segundos para serem executadas (isso também pode ser ajustado). Então, dê uma olhada neste log e veja quais consultas podem ser otimizadas. Às vezes, é apenas uma questão de criar um índice.
Você também pode executar show processlist
no seu shell MySQL e ver quais consultas continuam aparecendo. Essas consultas também merecem alguma atenção, pois podem ser otimizadas.
Você também pode se beneficiar do cache de consulta do MySQL.
Existem alguns bons scripts disponíveis on-line que podem ajudá-lo a ajustar seu servidor MySQL. O MySQL Tuner é um deles. Siga o link e você também encontrará algumas boas dicas e erros comuns.
Espero que isso ajude!