A partir da linha de comando, você pode seguir os passos listados em link (vá até a seção intitulada "Configuração na inicialização ") para salvar seu conjunto de regras iptables e carregá-lo na inicialização.
Se você usou o webmin para gerar as regras, acredito que ele salva uma cópia em /etc/webmin/firewall/iptables.save, mas não me lembro com certeza.