Com base na experiência passada, isso é causado pelo uso do gnome-screensaver. Eu tive problemas semelhantes com a sincronização do protetor de tela (do linux para o linux), eu consegui corrigir isso instalando e configurando o xscreensaver nos sistemas em questão. Além disso, parece haver uma solicitação de aprimoramento aberta já postada no grupo de códigos synergy +.
Minha recomendação: instale o xscreensaver no sistema linux e veja se isso elimina os problemas.