Melhor começar a ver suas consultas e índices. Certifique-se de ter a configuração de índices adequada e verifique suas consultas para associações grandes, que podem fazer com que esses contadores aumentem.
Existem cerca de um guia bazilion sobre como otimizar o MySQL na rede. Um lugar para começar é aqui . Ou você pode dar uma olhada no blog do MySQLPerformance .