Exec-shield pode quebrar alguns programas, dependendo de como eles foram escritos. Por exemplo, veja esta referência de uma lista de discussão da Red Hat:
2 enables every exec-shield unconditionally (modulo exec-shield-randomize) regardless of the type of executable loaded. This WILL break programs, and is generally discouraged, but you've got enough rope to hang yourself and break your Loki games. :-)
Suponho que os mantenedores do CentOS estejam julgando que é melhor enviar um sistema operacional que execute todos os programas e seja menos seguro, em vez de fazer com que os usuários tentem diagnosticar falhas em programas antigos.