um arquivo em lote sendo executado como uma tarefa agendada fará isso para você:
rem ### get files from a remote folder
> ftp.do echo o ftp.site.net
>> ftp.do echo <user>
>> ftp.do echo <pass>
>> ftp.do echo cd /folder/
>> ftp.do echo prompt
>> ftp.do echo mget *
>> ftp.do echo bye
ftp -s:ftp.do
del ftp.do
Se você precisar de algo mais do que isso, suas necessidades provavelmente serão mais específicas. Nesse caso, mais detalhes sobre sua pergunta não serão prejudicados :)
se você quiser usar isso em um cenário 'push' no servidor com os backups, então apenas mude o mget com mput