Isso não é o que você pediu, mas pode ser interessante. Permite aproximar aplicativos que não possuem suas próprias configurações de proxy nativas. link
Eu tenho batido minha cabeça por um tempo sobre como fazer isso. O cenário é o seguinte: Eu quero ser capaz de encaminhar todo o tráfego da web de saída de um navegador para o Tor, para que ele seja anonimizado adequadamente. Normalmente, pode-se apenas definir o proxy http no navegador e acabar com isso, mas isso é com um navegador sem a capacidade de fazê-lo especificamente, um navegador móvel.
Então, idealmente, o que poderia ser feito é interceptar todas as solicitações de tráfego web / dns do navegador e enviá-las para o Tor. Suponha, para isso, que o Tor esteja rodando no dispositivo também.
Isso não é o que você pediu, mas pode ser interessante. Permite aproximar aplicativos que não possuem suas próprias configurações de proxy nativas. link
Como você está falando sobre o iptables, eu acho que seu dispositivo está rodando Linux, e se você definir seu proxy na variável de ambiente HTTP_PROXY? Eu faço assim com o navegador Chromium, por exemplo. Variáveis de ambiente podem ser dinamicamente definidas usando:
export HTTP_PROXY=proxy_ip:proxy_port