Você pode especificar o conjunto de caracteres a ser usado para conversão no momento da montagem. De man mount
:
iocharset=value
Character set to use for converting between 8 bit characters and 16 bit Unicode characters. The default is iso8859-1. Long filenames are stored on disk in Unicode format.
Especifique em seu fstab ou através da opção -o
se você estiver montando o FS manualmente:
mount -t vfat -o iocharset=<value> /dev/<xxx>