Eu não vi esse comportamento antes. A única coisa que vem à mente é que o cache de scripts de configuração automática de proxy (PAC) pode estar desabilitado. Mesmo assim, eu não sabia que desativar esse cache fazia com que o script fosse carregado mais de uma vez por sessão do navegador.
A configuração é configurável através da Política de Grupo em: Configuração do Usuário / Modelos Administrativos / Componentes do Windows / Internet Explorer / Desativar o armazenamento em cache de scripts de Proxy Automático
No registro, a configuração de diretiva está em: HKCR\Software\Policies\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\EnableAutoProxyResultCache