Além da comparação é, literalmente, incomparável para esse tipo de tarefa. Faz comparando diretórios trivial. Ele mostrará os arquivos em uma visualização na qual você poderá selecioná-los e copiá-los em outro lugar ou na nova árvore.
Se o seu conjunto de dados é como você suspeita, ele simplesmente mostrará uma exibição vazia no lado antigo e você sabe que não há nada que precise fazer.