Em scripts CGI padrão, o servidor inicia o script, envia uma única solicitação e espera que o script termine.
Em um script FCGI, o servidor inicia uma vez e envia várias solicitações, uma por vez. Isso significa que o script não deve sair depois de uma única solicitação, mas apenas sair em condições de erro em que não é possível responder de maneira útil (mesmo que seja para responder com um código 500).
Então, você está confundindo o Apache saindo, acredito.