É interessante - o que parece é que você não está fazendo login via Basic a partir de máquinas remotas, mas sim NTLM que está falhando (já que as contas são locais apenas para o servidor, não para o cliente). Qual é o código Win32 para o erro 401.1? O que o Fiddler diz que a autenticação é?
Você pode efetuar login via NTLM nos servidores (o login automático do NTLM é normalmente desativado devido ao ESC - Enhanced Server Configuration)?
O que exatamente os "scripts" que você executou e o que eles fizeram?
Por fim, que zona da Internet o site exibe no servidor e os clientes que estão falhando?