Geralmente é o VNC que causa isso. Você está usando o TightVNC? Tente mudar para UltraVNC ou RealVNC ou vice-versa.
Quando pressiono ctrl-alt-del em um servidor Windows 2003 específico, os campos Nome de usuário e Senha ficam esmaecidos, por isso não consigo fazer login.
Estou fazendo o login remotamente usando o VNC, se isso faz alguma diferença, mas meu colega verificou o console real e obtém os mesmos resultados.
Um motivo comum é que há uma sessão remota no console do servidor que não foi encerrada corretamente.
Existem algumas razões para isso acontecer. Em primeiro lugar, pode ser que 'Log On Locally' tenha sido desabilitado em uma política de grupo de alguma forma, isso impediria que os usuários fizessem login no console. À medida que você usa o VNC para conectar, está usando o console com eficiência. Você pode tentar se conectar usando o RDP e ver se consegue fazer isso.
Outra opção é que o Serviço de Logon do Windows foi interrompido, o que, se esse for o caso, você precisaria ser reinicializado.
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