Diagnóstico: o que acontece se você colocar um .htaccess contendo apenas RewriteEngine on ? O que estamos verificando é se há regras mal-intencionadas definidas pelo servidor que alguém deixou por aí, contando com RewriteEngine desativando-as.
Os comentários mostram que este é o caso. Impressionante. A única coisa em que posso pensar para tentar é soluções que não usam mod_rewrite , como:
SetEnvIf Referer . hotlink=1
SetEnvIfNoCase Referer ^http://(www\.)?domain\.com/.*$ !hotlink
<LocationMatch *.pdf>
Order allow,deny
Deny from env=hotlink
Allow from all
</LocationMatch>